Promossa sul finire del XVI secolo dalla Confraternita della Misericordia, che prende per l’occasione il nome di Confraternita della SS. Trinità (1576), sorge nel quartiere d’espansione voluto da Vespasiano Gonzaga, viene costruita fra il 1617 (primitiva chiesa di dimensioni rivelatisi troppo anguste) e il 1644 circa (attuale edificio) in stile tardo cinquecentesco.
Eretta a seconda parrocchia del paese nel 1617, dedicata nel 1737, diverrà chiesa sussidiaria nel 1932. La facciata monumentale, ispirata alla chiesa gesuita della Trinità di Mantova, manca di una piazza in grado di darle respiro perché probabilmente non era stata prevista nell’originario progetto urbanistico di Vespasiano.
L’interno, d’impronta tardo- cinquecentesca, è costituito da un’unica aula e da cinque cappelle per lato, alcune delle quali ospitano ancone e altari lignei e marmorei di notevole interesse. Si segnalano in particolare il magnifico altar maggiore e la balaustra con raffinate tarsie marmoree settecentesche. Fra le numerose opere pittoriche vanno ricordate La Vergine Assunta, eseguita ne 1660 (circa) da Giambattista Natali, l’Estasi di San Francesco di Giorgio Anselmi, la Crocifissione attribuito a Giulio Carpioni, La SS. Trinità incorona la Vergine regina di Bozzolo (con vedute della città), grande pala dell’altar maggiore con maestosa cornice dorata di teatrale effetto scenografico, gli ovali della cappella del Rosario.
La facciata e il presbiterio sono stati recentemente restaurati.
Si noti anche la contigua cappella del Carmine (via Poma), piccolo sacello del XVIII secolo, sita nell’antico cimitero.

Per entrare ci sono due gradini, nessuna rampa per l'accesso alle persone con disabilità.